Ο Χρήστος Λιονής υπηρέτησε ως Καθηγητής Γενικής Ιατρικής και Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης από το 1994 μέχρι τον Αύγουστο του 2022. Τον Ιανουάριο του 2023 έλαβε τον τίτλο του Ομότιμου Καθηγητή του Πανεπιστημίου Κρήτης και υπηρετεί το Εργαστήριο «Υγεία και Κοινωνία» της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Έρευνας στην Εκπαίδευση και τις Ψηφιακές Ανθρωπιστικές και Κοινωνικές Επιστήμες. Τον Δεκέμβριο του 2024 εκλέχθηκε Καθηγητής της Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας και Δημόσιας Υγείας στο Τμήμα Ψυχολογίας της Σχολής Κοινωνικών και Ανθρωπιστικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Λεμεσού στην Κύπρο. Από τον Μάρτιο του 2026 είναι Συνδιευθυντής στο Συνεργαζόμενο με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης Κέντρο του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας.
Στο εξωτερικό διετέλεσε μέλος του Δ.Σ. της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Γενικής/Οικογενειακής Ιατρικής και Αντιπρόεδρος του Ευρωπαϊκού Δικτύου Έρευνας στη Γενική Ιατρική. Διατελεί μέχρι σήμερα διευθυντής ή αναπληρωτής διευθυντής σύνταξης σε διεθνή περιοδικά και μέλος διοικητικών συμβουλίων ευρωπαϊκών δικτύων σχετικών με τη γενική/οικογενειακή ιατρική. Ερευνητικές του προτάσεις έχουν χρηματοδοτηθεί από την Ευρωπαϊκή Ένωση και έχει δημοσιεύσει περί τα 485 άρθρα σε ξενόγλωσσα περιοδικά που παρουσιάζονται στο PubMed με απήχηση που εκτιμάται ως h-index 74, και συνολικό αριθμό αναφορών 52,786 (Google Scholar 1 Ιουλίου 2026).
Ο κ. Λιονής έχει αναγνωρισθεί ως fellow από το Βασιλικό Κολλέγιο των Γενικών Ιατρών της Μεγάλης Βρετανίας (2009), από την Ευρωπαϊκή Εταιρεία Καρδιολογίας (2017) και την Παγκόσμια Εταιρεία Γενικής/Οικογενειακής Ιατρικής (2016). Το 2019 ορίστηκε μετά από επιλογή μέλος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής Εμπειρογνωμόνων για την Επένδυση στην Υγεία (European Commission Expert Panel on Effective Ways of Investing in Health) μέχρι την ολοκλήρωση της θητείας της στο τέλος του 2022. Το 2021 ορίστηκε τακτικό μέλος της Εθνικής Επιτροπής Ψυχικής Υγείας του Υπουργείου Υγείας, ενώ από το τέλος του ίδιου έτους μέχρι σήμερα υπηρετεί ως μέλος την Εθνική Επιτροπή Βιοηθικής και Τεχνοηθικής. Το ίδιο έτος εκλέχθηκε Πρόεδρος της Επιτροπής της Ψυχικής Υγείας (Working Party on Mental Health) της Παγκόσμιας Εταιρείας Γενικής/Οικογενειακής Ιατρικής (WONCA), θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι και τον Απρίλιο του 2026. Ο κ. Λιονής επιλέχθηκε επίσης το 2022 ως μέλος της Επιστημονικού Συμβουλίου για τα Εμβόλια του Ευρωπαϊκού Γραφείου για τα Φάρμακα (European Medicines Agency of Medicines) και ολοκλήρωσε τη θητεία του το 2025.